国家质量监督检验检疫总局、国家标准化管理委员会批准发布的《有机肥料中土霉素、四环素、金霉素与强力霉素的含量测定(高效液相色谱法)》标准，将于2017年3月1日起实施。 这是中国首次发布肥料中抗生素残留检测方法的国家标准，为在有机肥料产品质量指标中设定抗生素残留限值提供了技术支撑，这项标准的出台，也给“任性”有机肥行业上了紧箍咒。 中国科学院广州地球化学研究所的2015年公布的研究结果表明，2013年中国抗生素总使用量达到约16.2万吨，其中48%被用于人体医疗系统，另外高达52%的抗生素则直接被用于农业养殖。养殖户为了防止禽畜生病传染，往往会喂养大剂量的抗生素，而这些抗生素大部分都没有被吸收，大约有60%～90%以原药和代谢产物的形式随着禽畜粪便排出。而这些粪便往往会直接作为肥料施用或者以其他形式做成有机肥施用，这种抗生素残留会对人们造成威胁。
鸡粪等作为一种有机肥，价格低廉，然而正由于其价格低廉，往往不会关注抗生素指标，也不会去处理抗生素含量超标问题。一旦有机肥厂家面临抗生素限制问题，必然需要成本去处理抗生素，这也将导致生产成本大幅度提高，更会使得这类产品失去竞争力，鸡粪只是养殖业副产物，解决这个问题根本在于养殖业的规范与技术革新，显然，有机肥行业是没办法去引导上游行业，这也势必造成鸡粪使用面临限制与淘汰。 2016年6月14日，最后一个农用硫酸链霉素登记证件到期，不再续展，农用硫酸链霉素正式退出农药舞台。早在2011年，第八届全国农药登记评审委员会第九次会议决定：停止受理和批准硫酸链霉素的新增田间试验、农药登记，已批准含有硫酸链霉素的产品，其登记证件到期后不再办理续展登记。农药链霉素的被禁，也是国家对于抗生素滥用问题反思，而关注有机肥中抗生素超标，也是这种思路的延续，这对于人们生命健康是有利的。 细菌产生耐药性的主要原因是抗生素的滥用。就目前而言，滥用抗生素是全世界都在关注的问题。从科学使用抗生素的角度来说，使用抗生素应首先明确疾病是否由细菌感染引起，例如普通感冒，大部分是由病毒引起的，由细菌引起的比例约占5%，使用抗生素并不能帮助治愈感冒，反而会耽误治疗。细菌之所以会对抗生素产生耐药性是因为它先于人类而产生，通过与自然环境更长期的斗争，它已具有顽强的生命力，抗生素出现以后，细菌也逐渐找到了对付抗生素的方法。
如今，随着各种新型抗生素的不断涌现，人类对抗生素的要求也越来越高。过去黏菌素主要针对革兰氏阴性菌引起的感染，但对人体肾脏和神经系统有明显毒性。近年来，革兰氏阴性细菌多重耐药问题越来越严重，多黏菌素已成为人类使用抗生素的最后一道防线。 有报道说美国发现一“超级细菌”携带了一个名为MCR-1的特殊基因。MCR-1基因的出现，不仅会加快耐药菌的传播，还会威胁黏菌素的有效性。黏菌素对其已不起作用，许多抗生素也都对其束手无策，这无疑给人类敲响了警钟。 噬菌体比细菌结构更简单，它以吞噬细菌作为自己生存和繁衍的物质基础。而且，正如抗生素具有选择性杀伤细菌一样，噬菌体也具备这样的选择性。我们可以找到一些噬菌体，它对动物无害，但又能吞噬那些感染动物的细菌，这种噬菌体就是比抗生素更好的抗菌药。 细菌素是细菌分泌出来的类蛋白毒素，它可以杀死那些与之相似或同一家族的细菌。而且，不同的细菌素具有不同的潜在医疗价值。已经有比较看好的前景表明，这是最可能率先超越抗生素的方法。在植物体内，这种细菌素杀菌法还可以通过基因方法进行移植，使得被移植的植物，天然地具有杀菌能力。如果这样的基因工程也能在动物体中实现，其提升动物免疫力的能力就是营养、医学方法望尘莫及的了。 利用一些益生菌“打败”有害菌，如益生菌可通过改变肠道环境抑制有害菌生长，可通过产生某种抗菌物质抑制有害菌生长，可在肠道内与有害菌竞争营养素，可通过占据肠道位置阻止病原菌附着。 抗生素“耐药”在某种程度上，是一种不可避免的自然过程。抗生素的长期使用和滥用会加速这一过程。建议通过减少抗生素在农业上的使用，积极寻找可替代疗法、提倡疫苗使用、精确诊断和早期治疗、改善卫生保健条件等方式来降低对抗菌药物的需求，避免不必要的使用。建议使用符合《标准》的商品复合有机肥，对禽畜粪便等有机肥要经检测、处理达标后才可使用。
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