硅藻在淡水养殖和海水养殖中都是一类常见的微藻。它是一类具有色素体的单细胞植物，常由几个或很多细胞个体连结成各式各样的群体，主要特征为硅质构成的外壳。硅藻类群多样，常见的有：直链藻、舟形藻、菱形藻、桥弯藻等（淡水）；茧型藻、小环藻、等片藻等（海水）。

当水体中的优势藻属（占水体总生物量的10%-40%）为硅藻时，水色为茶色，硅藻水在水产养殖中是公认的一种好水。硅藻也是鱼虾的优质饵料，生活在此种水体的鱼虾生长速度快，抗病力强，成活率高。

但硅藻对环境的要求较高，如果气候变化频繁如连续高温或气温、水温骤变、暴雨等引起水体分层和盐度骤变，容易导致藻类大量死亡，硅藻大规模繁殖在夜间耗氧增大，水体氧不足，自净能力严重不足，有害气体和有害物质大量聚集，水体突然变黑、变清。

绿藻是池塘中的另一类微藻群落，常见的如小球藻、衣藻、扁藻等都属于绿藻。绿藻占优势的水色常呈现草绿色、绿色等。

绿藻由于其进化地位较高，具有叶绿体、线粒体等较为高等的结构，因此其环境抵抗能力也较强。其次，绿藻营养丰富、易培养，可作为浮游动物和养殖生物的优质饵料。

蓝藻，又称"蓝细菌"，是一种广泛分布于全世界水体中的光能自养型原核生物，能进行光合作用和固氮作用。养殖水体中常见的蓝藻有：颤藻、鱼腥藻和螺旋藻、微囊藻等。其中微囊藻在水体表层大量聚集而形成的肉眼可见的藻类聚集体，是水产养殖中最为常见的蓝藻水华。整个水体也呈现蓝绿色。

蓝藻在大量生长的同时，在水面形成一层蓝绿色而有恶臭味的浮沫，其藻毒素也在水体环境中大量积聚，从而对环境中的各种生物构成威胁。蓝藻的大量繁殖以及死亡藻类的分解，消耗大量溶解氧，可以导致水体缺氧甚至无氧状态，易导致养殖水体发生泛塘。蓝藻大量死亡时可产生藻毒素、大量羟胺及硫化氢等有毒物质，直接危害水生动物。死亡的蓝藻释放大量的有机质刺激了化能异养细菌的生长，其中部分对养殖动物是致病菌，导致继发感染细菌性疾病。

这两类藻也常被称为鞭毛藻，其中裸藻常见于淡水，而甲藻则常见于海水。这两类藻的共同特点是具有可运动的鞭毛。由于这个特征，它们可以有效在水层中进行运动，争取到最适合于自身繁殖的光照，同时，遮蔽其他微藻。因此，在条件合适的情况下，这两类藻会大量繁殖，成为池塘的优势种群。

虽然曾有报道称裸藻和甲藻可作为养殖生物的优质饵料，但就目前来说，依然将其归于有害藻一类，原因主要有二：其一是这两类藻多含有毒素，其中甲藻更是大名鼎鼎的海洋生物灾害“赤潮”的主要原因生物；其二则是，这两类藻对剧烈的环境变化适应能力非常差，极易发生剧烈倒藻，导致毒素释放，同时大量耗氧，使养殖生物应激、浮头、中毒，乃至死亡。

那么我们在日常养殖中，对于藻相的优劣程度，往往需要有以下几个判断依据：

1) 有益藻种占优势，优质的藻相必须要有有益藻作为优势藻种，一般来说，硅藻、绿藻是公认的有益藻类。

2) 丰富藻种的多样性，俗话说：三人成众。对于池塘藻相亦是如此，单一的藻种组成往往经不住高温或天气突变等环境的冲击，容易发生倒藻，引起一系列问题。而藻种的多样则可以有效地预防这些情况，丰富的藻种组成，可以有效提升池塘系统的缓冲能力，即使发生倒藻，也有新的藻种补充进来，使得倒藻发生的影响不至于那么剧烈。

3) 藻细胞保持鲜活：池塘养殖的水质讲求“肥活嫩爽”，其中“嫩”即是藻细胞完整鲜活，鲜活的藻类形态完好，色素体饱满、充盈，而老化的藻类，细胞常有破碎，色素体暗淡、萎缩。

4) 适宜的密度：有了好的藻类组成，密度也非常关键，而对于我们日常检测来说，严格的藻密度或生物量计数过于繁琐，而池塘透明度可以较好地反映池塘中藻密度情况，一般来说，透明度在20-40cm左右较好。

藻相的营造和保持是池塘养殖重要环节之一，为了良好的藻相，可以从以下几个方面入手：

1）保持合适的水深；

2）定期补充新水；

3）合理施肥；

4）常使用益生菌（光合菌、乳酸菌等），促进池塘菌藻平衡。