| 动物粪便、草料、农副产品和其它类型有机物质在许多国家被广泛低用作鱼虾类池塘的肥料。植物和动物产品有时也在高价值水产品养殖塘内作为前期肥料。一些虾场主也将糖蜜作为一种直接可用的碳源用于快速增殖有益细菌的活动，这种方法在异养生物絮团养殖系统内经常使用。 优势 1、它们能作为浮游动物和底栖动物的直接食物，消除了使用化学肥料的迟滞期。
2、益生菌可以在有机颗粒表面生长繁殖，不仅增加了有机颗粒的营养价值，而且通过细菌把氨氮合成菌体蛋白，减少了水体分子氨的潜在毒性（这就是使用有机碳如糖蜜、酵母发酵抽提物等能降氨氮的原因）。
3、有机肥料在发展中国家通常可以从家庭农场的农业生产中得到，即使是购买，这些粪肥相对于化学肥料也是非常便宜的。而且，水产养殖中有机肥料的生态利用是值得期待的，因为促进了废物循环利用。 劣势 有机物质作为池塘肥料有时劣势超过了优势。低含量的营养素、高的施用量和对溶氧的需求都得引起注意。
1、有机肥料有时并不是就近就有，而且大量粪肥的运输成本也是较高的。池塘底质有可能被沉积到塘底的有机物质破坏。纤维性的有机颗粒能被大型藻类利用并和浮游植物竞争肥分。粪肥中的腐殖成分，特别是草料和其它植物残渣，会通过其直接的毒性抑制浮游植物的生长，水体也会被这些物质污染变色而影响光合作用。
2、鱼虾的肉质也可能因粪肥中的异味物质，或从粪肥中生长的放线菌产生的臭味物质污染而变味。粪肥中经常含有较多的微量金属元素，这可能会导致鱼虾肉质中微量金属元素超标。
3、抗生素经常在陆地动物生长中使用，其粪肥中的抗生素残留有可能会传递到施肥池塘的鱼虾体内。可能许多消费者不愿意听到他们购买的水产品是用动物粪便在池塘中养成的。这些恐惧和担心还因为一些国家也用人的粪便在池塘中养殖鱼虾。 安全预防和替代措施 作为食品安全预防措施，同时为了避免可能的消费者投诉，使用动物粪便作为水产养殖的有机肥料应当严格监控，特别是一些为了出口的水产养殖。当然，如果动物粪便经过几个月的堆肥发酵后再作为有机肥料使用到养殖水体中是允许的，至少比使用新鲜动物粪便更容易被人接受。不过，目前我国动物养殖中大量使用抗生素，动物粪便中残留的抗生素将污染池塘养殖中的鱼虾蟹肉质，甚至导致池塘水产养殖品药物残留超标，这将带来严重的食品安全问题。 使用酵母发酵抽提物、黄金肽、黑金肽等作为池塘有机肥的来源是值得大力推广的，这类产品在水体中使用不消耗氧气，安全可靠，肥水、培菌速度更快，既充分发挥了池塘水体对有机肥好处的需要，又有效降低了使用传统有机肥对水产养殖的风险和危害。
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